Цель работы
Основная цель работы состоит в разработке алгоритма нахождения координат
всех нуклеотидов, составляющих молекулярную цепь РНК, в оптимальной по энергии пространственной форме РНК - а также в конвертацииполученных данных в формат Protein Data Bank, используемый в молекулярной биологии. Сначала мы определяем, какая из пространственных форм для напряжённого состояния данной молекулы (с заранее заданной вторичной структурой) является оптимальной по упругой энергии. А затем уже вычисляем координаты всех нуклеотидов в трёхмерном пространстве - уже для найденной оптимальной пространственной структуры, а также все геометрические параметры для элементов этой новой пространственной структуры.
Все исходные данные поставленной задачи заносятся в текстовые поля ввода программы, которая осуществляет нахождение оптимальной по упругой энергии пространственной структуры РНК, и вычисление координат
всех нуклеотидов для этой структуры. Программа написана на языке C
++
, интерфейс разработан в среде C++ Builder. Получившиеся в результате значения конвертируются
в формат программы-визуализатора DS Visualizer 1.7, которая затем строит графическое представление новой пространственной формы молекулы.